小麦茎基腐病为土传真菌性病害，也可以通过种子传播。病原种类比较复杂，主要包括假禾谷镰孢、禾谷镰孢、黄色镰孢、燕麦镰孢等，以假禾谷镰孢为优势病原菌。不同麦区引发小麦茎基腐病的病原存在差异，河南、河北、山西及山东等地小麦茎基腐病病菌以假禾谷镰孢为优势种，而安徽、江苏等地以禾谷镰孢复合种为主。病菌通常从小麦植株根部、茎基部侵入，与不同田块土壤中病菌的分布情况有直接关系。在免耕田块，病菌多存在于土表或地面，以茎基部及以下位置为侵染点；在小麦植株残体密集地块，病菌主要从根茎部侵入。

       小麦发生茎基腐病，主要表现为茎基部褐变，发病后茎基部1～2个节间变为褐色，潮湿条件下茎节处可见红色霉层，严重时叶片枯死，并出现白穗，白穗植株籽粒秕瘦甚至无籽。一般来说，小麦茎基腐病病菌有两次侵染集中的时期，分别为冬前小麦苗期和分蘖期、春后返青拔节期。病菌寄主主要包括小麦、大麦、玉米等禾本科作物及杂草，一般不侵染双子叶作物。多年小麦与玉米连作，连年秸秆还田，导致病菌在土壤中不断累积，这是小麦茎基腐病暴发和病症越来越重的根源。干旱和半干旱气候、土壤瘠薄有利于该病发生。

       采取播前种子处理和返青期喷药相结合的方式，对小麦茎基腐病的防控效果好。试验结果表明，仅在小麦返青期喷药1次，其防效明显低于种子处理后再在小麦返青期喷药防治。小麦播前选用戊唑醇、甲霜·种菌唑、氰烯菌酯拌种或包衣，可以减少苗期病株率；小麦返青拔节期选用戊唑醇加丙硫菌唑、噁霉灵、苯醚甲环唑、噻呋酰胺等药对茎基部粗喷雾，能保护健株不受病菌侵染，减少产量损失。常年发病严重的田块，最好改种非寄主植物。

       小麦发生茎基腐病后很难用药控制，但喷药可以保护健株不被病菌侵染，防止病情加重，注意对茎基部粗喷雾。