茎基腐病主要侵染小麦基部1～2个节间，由于发病大多在拔节后，田间郁蔽度增加，此时用药药物难以到达植株下部的发病部位，因此控制效果有限，尤其是在发病严重的田块，只能保护健株不受病菌侵染。采取播前种子处理和返青期喷药相结合的方式，对小麦茎基腐病的防控效果好。试验结果表明，仅在小麦返青期喷药1次，其防效明显低于种子处理后再在小麦返青期进行药剂喷施防治的效果。小麦播前选用戊唑醇、甲霜·种菌唑、氰烯菌酯拌种或包衣，可以减少苗期病株率；小麦返青拔节期选用戊唑醇加丙硫菌唑、噁霉灵、苯醚甲环唑、噻呋酰胺等药对茎基部粗喷雾，能保护健株不受病菌侵染，减少产量损失。

       在小麦播前用药处理种子，再在返青期喷药，一般对小麦茎基腐病有良好防效，但也不能保证不发病，只是相对于未用药田块病株率下降很多。另外，在小麦生长期用药时已发病较重，防治效果也不好。