小麦茎基腐病为土传真菌性病害，也可以通过种子传播。病原种类比较复杂，主要包括假禾谷镰孢、禾谷镰孢、黄色镰孢、燕麦镶孢等，以假禾谷镰孢为优势病原菌。不同麦区引发小麦茎基腐病的病原存在差异，河南、河北、山西及山东等地小麦茎基腐病病菌以假禾谷镰孢为优势种，而安徽、江苏等地以禾谷镰孢复合种为主。病菌通常从小麦植株根部、茎基部侵入，与不同田块土壤中病菌的分布情况有直接关系。在免耕田块，病菌多存在于土表或地面，以茎基部及以下位置为侵染点；在小麦植株残体密集地块，病菌主要从根茎部侵入。

       小麦发生茎基腐病，主要表现为茎基部褐变，发病后茎基部1～2个节间变为褐色，潮湿条件下茎节处可见红色霉层，严重时叶片枯死，并出现白穗，白穗植株籽粒秕瘦甚至无籽。一般来说，小麦茎基腐病病菌有两次侵染集中的时期，分别为冬前小麦苗期和分蘖期、春后返青拔节期。病菌寄主主要包括小麦、大麦、玉米等禾本科作物及杂草，一般不侵染双子叶作物。多年小麦与玉米连作，连年秸秆还田，导致病菌在土壤中不断累积，这是小麦茎基腐病暴发和病症越来越重的根源。干旱和半干旱气候、土壤瘠薄有利于该病发生。

       目前登记用于小麦防治茎基腐病的药较少，用药方式主要分为种子处理和茎叶喷雾两种。用于种子处理的药有山东麒麟农化有限公司的13%苯甲醚·咯菌腈·噻虫胺种子处理悬浮剂，含苯醚甲环唑0.3%、咯菌腈0.3%、噻虫胺12.4%，登记用于小麦种子包衣防治茎基腐病和蚜虫，每100公斤种子推荐用制剂846～1,462毫升；兴农药业（中国）有限公司的33%咯菌·噻虫胺悬浮种衣剂，含咯菌腈3%、噻虫胺30%，登记用于小麦种子包衣防治茎基腐病、根腐病和金针虫，每100公斤种子推荐用制剂200～400毫升；河南领先作物科学有限公司和北农（海利）涿州种衣剂有限公司的25克/升咯菌腈悬浮种衣剂，均登记用于小麦种子包衣防治茎基腐病，每100公斤种子分别推荐用制剂240～480毫升和300～450毫升；瑞士先正达作物保护有限公司的“克来傲”200克/升三氟吡啶胺种子处理悬浮剂，登记用于小麦拌种防治茎基腐病，每100公斤种子推荐用制剂150～300毫升。

       用于茎叶喷雾的药有海利尔药业集团股份有限公司的40%丙硫菌唑·戊唑醇悬浮剂，含丙硫菌唑和戊唑醇各20%，登记用于小麦喷雾防治茎基腐病、白粉病和赤霉病，每亩推荐用制剂20～40毫升；陕西西大华特科技实业有限公司的“勇护”27%戊唑·噻霉酮水乳剂，含戊唑醇25%、噻霉酮2%，登记用于小麦喷雾防治茎基腐病和赤霉病，用于防治茎基腐病每亩推荐用制剂50～60毫升。

       采取播前种子处理和返青期喷药相结合的方式，对小麦茎基腐病的防控效果较好。单一进行种子处理或返青期茎叶喷雾，并不能有效控制小麦茎基腐病的发生。近期气温开始回升，环境条件适宜时茎基腐病容易发生，在发病初期选用丙硫菌唑·戊唑醇、戊唑·噻霉酮等药喷雾，有一定的控病效果。另外，用噁霉灵、苯醚甲环唑、噻呋酰胺等药，也能在一定程度上控制该病扩展。注意加足水量和药量对小麦茎基部发病部位粗喷雾，以提高防治效果。