菌核病是油菜上的主要病害之一，油菜各生育期和各部位均可受害，以茎部受害最重。防治油菜菌核病，宜在始花期和盛花期各施药一次预防。油菜主茎开花株率达100%时，花瓣带菌核病菌率最高，油菜主茎开花株率80%～100%、一次分枝开花株率50%时，是防治菌核病的关键时期，此时用药防治效果好。为方便用药，生产上可适当提前到油菜主茎开花株率达80%时用药。对菌核病发生重的地区，在第1次防治后5～7天再防治1次。施药时全株上下要喷到，以提高防效。长势较差的田块可加喷适量叶面肥，以增强植株抗逆能力。在药液中加用有机硅助剂等，也有利于提高防治效果。

       目前登记用于油菜防治菌核病的药主要有多菌灵、甲基硫菌灵、腐霉利、菌核净、异菌脲、咪鲜胺、三唑醇、啶酰菌胺、多·福、多·酮、腐霉·多菌灵、菌核·福美双、异菌·氟啶胺、氟唑菌酰羟胺等。很多地区的油菜菌核病菌对多菌灵已普遍产生高水平抗性，在这些地区不宜单用多菌灵防治菌核病，宜换用咪鲜胺、啶酰菌胺、菌核净、腐霉利、氟唑菌酰羟胺等药防治，或者将这些药与多菌灵混用。其中，啶酰菌胺和氟唑菌酰羟胺是近年来推出的新型杀菌剂，对已对多菌灵等药产生较强抗性的菌核病菌有良好的杀灭效果，在油菜菌核病菌抗药性较强的地区可以优先选用这两种药防治。

       巴斯夫欧洲公司的50%啶酰菌胺水分散粒剂，登记用于油菜防治菌核病，每公顷纯药推荐用量为225～375克，折合每亩用制剂30～50克。该药为新型烟酰胺类杀菌剂，除可用于防治油菜菌核病外，对多种作物的白粉病、灰霉病、褐腐病、根腐病等也有良好防效。该药为线粒体呼吸抑制剂，是琥珀酸脱氢酶抑制剂，通过抑制线粒体电子传递链上琥珀酸辅酶Q还原酶而起作用。其对病菌整个生长环节均有作用，尤其对孢子发芽抑制作用更强。与多菌灵、腐霉利等药无交互抗性。

       先正达作物保护有限公司的“麦甜”200克/升氟唑菌酰羟胺悬浮剂，登记用于防治油菜菌核病和小麦赤霉病，每亩推荐用制剂50～65毫升。氟唑菌酰羟胺属于吡唑酰胺类新型广谱高效杀菌剂，作用机理是抑制病菌体内三羧酸循环的琥珀酸脱氢酶，导致致病菌死亡。该药对叶斑病和白粉病活性最高；对难以防治的病害，如葡萄孢菌、核盘菌和棒孢菌等病菌引起的病害高效；还突破性地用于防治谷物上由镰刀菌引起的病害，如赤霉病等。同时，施用该药还可以提高作物产量。