赤霉病菌一般在小麦开花至盛花期侵染率最高，抽穗期次之，乳熟期病菌侵染率明显降低，糊熟期后病菌基本不能侵入。防治小麦赤霉病，首次用药很关键，一般在小麦扬花初期（扬花株率5%左右）施药，生产上可以掌握“见花就打”的施药原则，在田间有小麦开始开花时就用药防治。一般情况下不需要提前用药，对易感病品种，在小麦抽穗至扬花期如遇连续阴雨、结露和多雾天气，首次施药时间应提前至破口抽穗期。适用药种有氰烯菌酯、咪鲜胺、戊唑醇等，在赤霉病重发区可选用丙硫菌唑、氟唑菌酰羟胺等新药。在赤霉病菌对多菌灵抗性水平高的地区，应停止单用苯并咪唑类药，提倡轮换用药和混配用药。

       小麦一般在抽穗后2～7天扬花，抽穗期温度高则有时边抽穗边扬花，全穗扬花需3～5天，全田可持续6～10天。小麦抽穗时间的长短及到扬花的时间与当时的气温有关，温度越高扬花速度越快。一般情况下，小麦初花期应在齐穗期之前，全田有50%的穗子抽穗时扬花株率5%～10%。防治小麦赤霉病的施药次数，应根据小麦抽穗扬花期的天气条件、品种感病性及病情确定。如果小麦抽穗扬花期阴雨天少、品种抗耐病性较强，在小麦扬花初期用药一次就能取得较好防效；如果小麦抽穗扬花期阴雨天多、品种易感病，宜在首次施药后间隔5～7天用药一次，连续防治2～3次。如果施药后8小时内遇雨，应在晴天补防1次。注意用足水量，一般每亩用水量不少于40公斤。施药时均匀周到，在穗期要对准植株上部特别是穗部重点喷药。