赤霉病病菌一般在小麦开花至盛花期侵染率最高，抽穗期次之，乳熟期病菌侵染率明显降低，糊熟期后病菌基本不能侵入。防治小麦赤霉病，首次用药很关键，一般在小麦扬花初期（扬花株率10%左右）首次施药，生产上可以掌握“见花就打”的施药原则，在田间有小麦开始开花时就用药防治。如果小麦扬花初期有雨，可以适当提早至雨前的抽穗期用药。一般年份在小麦扬花初期用药一次就能取得良好防效；流行年份立足2次用药不动摇，间隔期为7天左右，品种较感病、生育期差异大的地区还应适当增加用药次数。

       防治小麦赤霉病，可选用氰烯菌酯、咪鲜胺、戊唑醇、噻霉酮等药及其混配剂，在赤霉病重发区可选用丙硫菌唑、氟唑菌酰羟胺等新药。在赤霉病病菌对多菌灵抗性水平高的地区，应停止使用苯并咪唑类药，提倡轮换用药和混配用药。

       将不同作用机理的药混用能提高对小麦赤霉病的防效，目前应用较多的混配剂主要是戊唑醇、己唑醇、氟环唑与氰烯菌酯、丙硫菌唑、丙硫唑、噻霉酮、咪鲜胺、多菌灵、吡唑醚菌酯等药的混配剂，如氰烯·戊唑醇、丙硫菌唑·戊唑醇、丙硫·戊唑醇、戊唑·噻霉酮、戊唑·咪鲜胺、戊唑·多菌灵、唑醚·戊唑醇、氰烯·己唑醇、唑醚·氟环唑等。

       先正达公司近年新推出的吡唑酰胺类新型、广谱、高效杀菌剂“麦甜”氟唑菌酰羟胺，对小麦赤霉病有良好防效，而且与主流药剂无交互抗性，是赤霉病抗性治理的工具。该药与“麦甜伴侣”丙环唑以组合形式出现，两者强强联合，能扩大杀菌谱，对赤霉病、白粉病、锈病、壳针孢属叶枯病、颖枯病等小麦中后期叶部及穗部病害均有良好防效，并能降低麦粒中DON毒素含量；能保护小麦功能叶，延长灌浆期，增加产量。