小麦赤霉病由多种镰刀菌引起，主要引起苗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，从幼苗期到穗期都可受害，其中影响最严重的是穗腐，我们通常说的赤霉病也就是指赤霉病穗腐。而赤霉病秆腐有点像稻瘟病的穗颈瘟，一旦发生通常会造成整穗枯死。赤霉病菌在小麦抽穗前和抽穗后侵入可造成秆腐症状，以抽穗前侵入引起秆腐较多。赤霉病秆腐多发生在小麦穗下第一、第二节间，抽穗后由于养分上不去，造成病部以上枯死，形成枯白穗；有时不能抽穗或抽出枯黄穗。潮湿时病部可见粉红色霉层。

       小麦孕穗期（大肚期）是用药防治赤霉病秆腐的关键时期，如果往年秆腐发生重，可以在此时防治一次赤霉病，对穗腐防效好的药对秆腐防效也好。赤霉病秆腐与赤霉病穗腐相比，病菌侵染早、发病早，发生重时危害比穗腐更重，发病后用药防治对病株治疗效果有限，但有利于防止病情扩展，同时能压低病菌基数，减轻赤霉病穗腐防治压力。已经发生秆腐的麦田，小麦抽穗扬花期更要加强对赤霉病穗腐的防治。